Também conhecido como casqueiro, concheiro e berbigueiro, entre outros nomes, trata-se de um sítio arqueológico que em sua origem guarani significa monte de conchas. Durante centenas ou milhares de anos os primitivos habitantes, que eram naturalmente dependentes da coleta de frutos do mar, iam acumulando em locais apropriados, os restos e cascas de moluscos. Estes montes cresciam tanto a cada geração que passaram a ser um local bastante apropriado para suas habitações. Além da proximidade do mar, os sambaquis eram locais secos e seguros.

Até o ano de 1989 haviam sido registrados 120 sambaquis só na Ilha de Santa Catarina em pesquisas arqueológicas realizadas em 20% dos sítios existentes. Porém sabe-se que muitos deles foram destruídos pela ocupação histórica que se sucedeu. Transformaram-se em matéria-prima para o fabrico de cal. Suspeita-se que nas partes mais elevadas dos sambaquis tenha havido a presença de um novo grupo humano, os itararés, que apresentavam hábitos diferentes dos primeiros habitantes dos sambaquis, revelados em vestígios cerâmicos e uma suposta prática agrícola. Houve, neste segundo grupo que ocupou a Ilha, uma sensível diminuição no consumo de moluscos em sua dieta alimentar. Supõe-se também que estes povos não tiveram contato entre si, habitando a Ilha em momentos que se sucederam historicamente.

O terceiro grupo indígena que migrou para a Ilha, no século XIV, foi o dos carijós, da família linguística tupi-guarani, tradicional no litoral sul do Brasil. Instalaram-se aproximadamente dois séculos antes da chegada dos primeiros europeus. Suas aldeias variaram de 30 a 80 habitações, o que imprimiu uma maior e mais densa ocupação efetiva da Ilha de Santa Catarina. Os primeiros contatos entre os carijós e estrangeiros ocorreu por volta de 1556, quando expedições deixavam na Ilha náufragos ou desertores. Desde o princípio, este convívio deu-se de forma pacífica. Por um lado, os amistosos carijós abasteciam os visitantes espanhóis de alimentos e forneciam seguras informações acerca de caminhos que os levassem a rios como Iguaçú e Itapocú, para alcançarem o Paraguai; por outro, os estrangeiros regalavam os índios com muitos presentes.

Entretanto, esse convívio durou menos de um século pois tornou-se prejudicial a cultura dos carijós, que migravam continente adentro.

Suspeita-se que já em 1600 não haviam tribos na Ilha de Santa Catarina. A fuga dos carijós do lugar onde estavam e que chamavam Meiembipe, que traduzido do tupi significa "montanha ao longo do canal", não implica em rompimento mas simplesmente como uma ação defensiva. Os nativos passaram a sentir-se muito vulneráveis na medida em que as necessidades dos visitantes, cada vez mais numerosos, exigiam maior produção de alimentos, o que alterava profundamente seus hábitos, crenças e até mesmo a liberdade física.

Até meados do século XVIII, embora o Tratado de Tordesilhas, em 1494, garantisse legalmente a posse das terras da Ilha de Santa Catarina à coroa portuguesa, Portugal não havia tomado nenhuma medida efetiva de povoamento. Percebia-se apenas a ação espanhola. Depois de algumas ocupações instáveis e de várias disputas pela posse das terras, vai caber a Francisco Dias Velho, nobre de São Vicente, fixar-se na Ilha. É provável que o assentamento tenha se dado por volta de 1675, uma vez que três anos após essa data Dias Velho irá requerer do governo da capitania paulista duas léguas em quadro na Ilha, justificando ter instalado uma igreja em devoção a Nossa Senhora do Desterro, benfeitorias e culturas na referida área.

Cresce a importância estratégica da Ilha de Santa Catarina, exigindo que fosse melhor defendida e ocupada de modo mais contundente. Desta forma, em 1726, Desterro é elevada à categoria de vila e iniciam-se projetos militares de fortificações na Ilha, estabelecendo-se a colonização definitiva, feita por açorianos.

No dia 6 de janeiro de 1748 desembarcaram na Ilha de Santa Catarina 461 pessoas provenientes da ilha de Açores. Até 1756, cerca de 6 mil açorianos e madeirenses já estavam instalados na Ilha, mesmo que precariamente. Foram distribuídas às famílias colonizadoras sementes, armas e ferramentas, cavalos e touros para o arado, o que dificultou ainda mais a adaptação dos colonos. Além disso sua cultura de trigo não se adequou ao clima da região, o que os obrigou a produzir culturas herdadas dos índios.

Assim, a mandioca tornou-se a base da alimentação açoriana e em pouco tempo (cerca de 30 anos) já existiam 300 pequenos engenhos, sendo alguns de cana-de-açúcar). Muitos colonos abandonaram suas terras e passaram a se dedicar a ofícios urbanos e à pesca artesanal. Outros tantos eram recrutados para treinamentos militares, o que de certa forma serviu de entrave e comprometeu o desenvolvimento da pequena produção mercantil na promissora Desterro. Na virada do século XVIII para o século XIX já se podia perceber um início de êxodo rural motivado pelo recrutamento, ofícios da pesca e trabalhos urbanos que, além de aumentar o núcleo da cidade permitia a formação dos primeiros latifúndios (ABN).